Suite à la fermeture de l'Université, malgré les menaces et les emprisonnements qui ne se font pas attendre, le Conseil refuse de rouvrir et la résistance s'organise. Entre 1941 et 1943, des cours publics destinés aux étudiants de l'ULB sont donnés avec le soutien de la Ville de Bruxelles. L'occupant mettra longtemps avant de s'apercevoir que beaucoup de membres de l'ULB les fréquentent ou y enseignent ; ils ne deviennent totalement clandestins à partir d'avril 1943. Certains étudiants s'inscrivent dans les autres universités. Par ailleurs, des membres du Jury Central favorables à l'Université permettent aux étudiants de passer leurs examens. Et bien qu'issus d'une université dont les tendances radicales de gauche et le caractère maçonnique constituent un danger permanent pour la paix durable, beaucoup d'entre eux les réussissent. Les locaux sont occupés par l'armée allemande. Par ailleurs, bon nombre d'étudiants et de professeurs gagnent l'Angleterre pour se mettre à disposition du gouvernement belge ou s'enrôlent dans la résistance. Le Groupe G, spécialisé dans les actions de sabotage, fondé et dirigé par des étudiants de l'ULB, reste le plus célèbre.