Le décret de la Communauté française du 31 mars 2004 visant à définir l'enseignement supérieur, à favoriser son intégration à l'espace européen de l'enseignement supérieur et à refinancer les universités prévoit la création de trois académies en Communauté française et définit les académies et leurs missions. Une Académie est une structure de collaboration interuniversitaire issue de l'association d'universités. Chaque Académie comprend nécessairement une des trois universités complètes (ULB, ULg ou UCL) et chaque université conserve intégralement ses statuts et son mode de fonctionnement. Les Académies reçoivent des charges propres telles que l'organisation conjointe des doctorats ou éventuellement certaines mesures d'aide à la réussite. L'Université Libre de Bruxelles (ULB), l'Université de Mons-Hainaut (UMH) et la Faculté polytechnique de Mons (FPMs) forment l'Académie Universitaire de Wallonie-Bruxelles. Les deux autres académies sont l'Académie Universitaire de Wallonie-Europe associant l'Université de Liège (ULg) et la Faculté universitaire des sciences agronomiques de Gembloux (FSAGx)  et l'Académie Universitaire de Louvain, regroupant l'Université Catholique de Louvain (UCL), les Facultés Notre Dame de la Paix à Namur (FUNDP), les Facultés universitaires Saint-Louis (FUSL) et la Faculté universitaire catholique de Mons (FUCAM). Les Pôles ne sont pas évoqués dans ce décret, mais il est stipulé que comme par le passé les Hautes Ecoles, les Instituts d'Architecture ou Instituts des Arts pourront conclure des conventions de partenariat avec une université ou une académie, selon le cas.

Depuis le 8 juin 2004, l' Académie universitaire de Wallonie-Bruxelles offre à ses institutions membres l'occasion de renforcer les partenariats déjà existants, qu'il s'agisse d'enseignements organisés conjointement (biologie moléculaire et médicale, biotechnologie, informatique orientée, gestion) ou de recherche et de pôles d'excellence tel  Materia Nova ou BioVallée.Cette nouvelle structure de collaboration se veut également acteur-clé dans le développement intellectuel, social et économique de la région. Dans cette optique, l'implantation du siège administratif de l'Académie sur le campus de Parentville à Charleroi n'est pas anodine. Elle traduit une volonté significative des trois universités de poursuivre leur développement régional en Wallonie et plus particulièrement dans la Province du Hainaut. L'un des objectifs de l'Académie étant aussi d'acquérir une meilleure visibilité sur le plan international, elle projette dans cette perspective de développer de nombreux partenariats avec les Universités de Lille et de Valenciennes, pour constituer progressivement, avec le Nord de la France, un pôle européen fort dans les domaines de la connaissance et de la recherche et qui soit de taille à rivaliser avec ses homologues européens.