Les traits propres aux institutions urbaines flamandes que Pirenne croyait discerner, et notamment le fait que celles-ci n'auraient jamais connu d'autres juges, ni d'autres administrateurs que leurs échevins, n'ont point été admis par tous. Léon Vanderkindere en fit la critique et Pirenne, tout en maintenant son point de vue, admettait que ces critiques d'un confrère qu'il aimait et respectait avaient été utiles. Elles l'amenèrent à revoir de plus près certaines questions et elles contribuèrent de la sorte à lui faire écrire, sur nos villes à nous, un livre de caractère synthétique : ce furent Les anciennes démocraties des Pays-Bas, parues en 1910 à Paris dans la Bibliothèque de philosophie scientifique du Dr Gustave Le Bon. Une excellente traduction anglaise en fut donnée par J.-V. Saunders, sous le titre Belgian democratie. Its early history, à Manchester en 1915. Å?uvre solide et claire, non remplacée, où se vérifie une fois de plus l'observation, déjà faite, que Pirenne, dans l'étude de notre passé, voyait surtout la Flandre et le pays liégeois.

Dans ce livre, l'auteur faisait largement état des ouvrages que ses anciens élèves, devenus des maîtres à leur tour, avaient consacrés à l'histoire urbaine, principalement de nos pays : les livres d'Herman Van der Linden sur Louvain et sur les guildes marchandes, celui de Guillaume Des Marez sur la propriété foncière dans les villes du moyen âge et particulièrement en Flandre, les études critiques sur le passé de Gand par lesquelles Victor Fris préludait à la composition d'une histoire de cette ville ; enfin le livre qu'un érudit français, appelé à devenir un de ses amis les plus fidèles, consacra aux finances de Douai au moyen âge : c'est, en effet, sur les conseils de Pirenne que Georges Espinas avait entrepris cette étude, tête de série de nombreux et importants travaux sur un des principaux centres de la Flandre française. Plus tard, les recherches de Joseph De Smet sur Bruges, d'Antoine De Smet sur les avant-ports brugeois, de Hans van Werveke sur les finances de Gand, d'Henri Nowé sur les communications de cette ville avec la mer et celles entreprises dans la suite par Anne-Marie Feytmans (Mme P. Bonenfant) sur certains aspects de l'histoire de Bruxelles, entretiendront et étendront cet ordre de recherches.

Les villes du moyen âge ont été traduites en tchèque : Strevoveha Mesta, Prague, 1932, avec une préface de B. Mendl. La traduction anglaise de F. D. Halsey, Medieval cities, parue, on le sait, avant le texte français, a été réimprimée en 1956 dans une série bon marché, au format in-16°, à Garden City (New York).

Les vues de Pirenne en matière d'histoire urbaine ont connu un très grand rayonnement. Maurice Prou, si méfiant à l'égard de toutes les théories, n'a trouvé que dans les travaux de son ami une explication aux problèmes posés par l'histoire d'Etampes au XIe et au XIIe siècle, Plus récemment, Gérard Sautel, étudiant les villes de consulat dans le midi de la France, était amené par les travaux de Pirenne à examiner le rôle des facteurs économiques dans la formation des institutions propres aux dites villes et à leur reconnaître une portée décisive, Un ancien élève néerlandais de Pirenne, W. S. Unger, a puisé dans la méthode du maître des éléments permettant de mieux comprendre certains aspects de l'histoire de Middelburg. Un des médiévistes les plus remarquables d'Amérique, Cari Ste-phenson, qui avait fréquenté à Gand le séminaire de Pirenne, a tenté, avec un succès d'ailleurs assez restreint, d'appliquer la « théorie «  de celui-ci aux villes anglaises. Le médiéviste portugais T. de Sousa Soares et Charles Verlinden, qui fut un des derniers élèves formés par Pirenne, ont éclairé l'histoire de certaines villes de la Péninsule ibérique à la lumière de conceptions que l'on pourrait nommer « pirennéennes ». En Allemagne, Fritz Roerig, quand il mettait fortement l'accent sur les facteurs sociaux et économiques, grands marchands   et   grand   commerce   dans le devenir de Lübeck et d'autres villes hanséatiques, se réclamait ouvertement de Pirenne.

On a fait aux conceptions de celui-ci, de son vivant, mais surtout depuis son décès, des objections assez nombreuses. Il en est, croyons-nous, de non fondées. Il en est d'autres qui se justifient : c'est là un phénomène normal et heureux, tout au moins quand les critiques s'accompagnent d'éléments constructifs ; car seule l'apparition de vues nouvelles - et sérieuses - en histoire permet de croire au progrès de cette science. Pirenne s'en fût réjoui. D'ailleurs, une fois réalisées les mises au point et les corrections nécessaires, ses conceptions subsistent en gros, croyons-nous, comme la tentative d'explication la plus recevable du phénomène urbain au moyen âge ; si tant est qu'une explication générale en soit possible.

Les livres, mémoires, articles et comptes rendus d'Henri Pirenne traitant d'histoire urbaine ont été groupés et réimprimés en deux volumes, sous le titre Les villes et les institutions urbaines, Bruxelles et Paris, 1939. La consultation de ces travaux s'en trouve à certains égards facilitée, bien que la publication n'ait pas été faite avec le soin voulu.

La pratique de l'histoire des villes est restée, à l'Université de Gand, un des legs les plus précieux du maître. Plus que tous autres, un ancien élève de Pirenne et son successeur dans la chaire d'histoire de Belgique, Hans van Werveke, poursuit et développe, avec ses propres disciples, cette glorieuse tradition.