En 1884, Pirenne allait être chargé de créer à l'Université de Liège l'enseignement de la paléographie et de la diplomatique. Le projet d'arrêté n'était pas encore soumis à la signature du Roi, quand le gouvernement libéral fut renversé. Le gouvernement catholique Woeste-Jacobs refusa de proposer la nomination au chef de l'État : Pirenne avait le tort d'être libéral. Mais en 1885, un autre gouvernement catholique fit preuve de plus de compréhension. Godefroid Kurth s'indignait de ce que ses amis politiques eussent défait ce qu'il appelait « la seule bonne chose qu'eussent faite les libéraux ». Il intervint auprès du Ministre de l'Intérieur et de l'Instruction publique, Thonissen, juriste éminent, qui avait publié d'importants travaux d'histoire et notamment d'histoire du droit. Thonissen consulta son ami Thévenin, lequel recommanda chaleureusement son ancien élève belge, et Pirenne fut nommé pour faire à l'Université de Liège les cours pour lesquels il avait été désigné l'année précédente ; il fut également chargé d'exercices historiques, c'est-à-dire d'un cours pratique, à l'École normale des Humanités en la même ville. Il était âgé de vingt-trois ans.

Dès l'année suivante, il était professeur extraordinaire à l'Université de Gand et chargé d'y enseigner l'histoire du moyen âge et l'histoire de Belgique ; il était également chargé du cours de géographie historique et d'exercices pratiques d'histoire aux Sections normales flamandes annexées à la faculté de philosophie et lettres. A ce cours pratique, il accueillit, d'ailleurs, sans tarder des étudiants des facultés de philosophie et lettres et de droit. Plus tard, en application de la loi de 1890 sur la collation des grades académiques et par suite de la suppression des Sections normales flamandes, ses attributions furent modifiées et élargies : il devint titulaire des cours d'histoire du moyen âge et d'histoire de Belgique (moyen âge) et des exercices d'histoire (moyen âge) en candidature en philosophie et lettres, des cours d'institutions du moyen âge, d'encyclopédie de l'histoire (moyen âge), de diplomatique, de critique historique appliquée au moyen âge (cours pratique) au doctorat en philosophie et lettres. En 1893 devait venir s'y joindre le cours d'histoire économique (partim) à la faculté de droit. En 1899, Henri Pirenne avait été promu professeur ordinaire.